La isla de Margarita estaba habitada por los guaiqueríes, una etnia aborigen que según Alexander von Humboldt hablaba un idioma emparentado con el warao.
Erigida en 1525, la provincia de Margarita es la más antigua de las que en 1777 formaron la Capitanía General de Venezuela. En 1561 Lope de Aguirre llegó a la isla desde el Perú y tomó posesión de ella por un tiempo, antes de marchar a tierra firme.
Había dependido de la Real Audiencia de Santo Domingo hasta 1739, cuando fue anexada al Virreinato de Nueva Granada, junto con otras provincias y desde 1777 forma parte de la Capitanía General de Venezuela. El 19 de abril de 1810 fue una de las siete provincias venezolanas que declararon su independencia de la Corona Española, y en 1830, al disolverse la República de Colombia (Gran Colombia) y surgir la República de Venezuela independiente, fue también una de sus 13 provincias originales. En 1864, al dividirse el país en 20 estados y un Distrito Federal, Margarita tomó el nombre de Estado Nueva Esparta, en honor al arrojo y coraje de su pueblo. En 1881 pasó a ser sección del Gran Estado Guzmán Blanco (llamado Miranda desde 1889 hasta 1898).
En 1901, dos años después de que se restituyera la autonomía de los estados, retomó el nombre de Nueva Esparta, pero lo pierde otra vez entre 1904 y 1909, período en el cual es incluida en el Distrito Federal como Sección Oriental. Finalmente, en 1909 recupera su condición de estado y en 1948, se anexa a su territorio la isla de Cubagua, manteniendo como Estado el nombre de Nueva Esparta y como isla el de Margarita.
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